Die Heiliggeistkirche wurde 1239 erstmals erwähnt. 1398
legte Kurfürst Ruprecht III. (deutscher König Ruprecht
I.) den Grundstein für den heutigen Bau. Die Vollendung
des Hallenchors und die Überführung des Kirchenschatzes
erfolgten 1410. Das Langhaus wurde 1441, der Turm nach 1508
vollendet. Anfang des 18. Jahrhunderts erhielt das Turmdach
seine barocke Form.
Der Chor war Grablege der Kurfürsten. Die Gräber
wurden, mit Ausnahme des Grabes des Kirchengründers Ruprecht
III., 1693 ebenfalls zerstört. Auf den Emporen der Kirche
befand sich bis 1623 die damals reichste Schriftensammlung
Europas, die Bibliotheca Palatina.
Nach der Eroberung Heidelbergs durch Tilly geriet sie als
Kriegsbeute in die Hände Maximilians von Bayern, der
sie als Geschenk an den Papst nach Rom bringen ließ.
Von 1705 bis 1936 teilte eine Trennmauer die Heiliggeistkirche.
Im Kirchenschiff hielt die evangelische, im Chor die katholische
und zum Schluss die altkatholische Gemeinde ihre Gottesdienste